La villa Lauquié (ici en 2000 avant les travaux qui ont précédé l’installation en ces murs de la Maison départementale du tourisme) était le siège de la Gestapo à Foix. De nombreux résistants ariégeois y ont été interrogés et torturés avant leur transfert vers la prison Saint-Michel de Toulouse ou vers les camps de concentration. Le musée de la Déportation et de l’internement de Varilhes abrite aujourd’hui les volets de la pièce qui servait de lieu de rétention et sur lesquels les prisonniers ont gravé des messages qui témoignent de leurs souffrances.

Dès février 1939, le camp du Vernet d’Ariège sert à regrouper des soldats de l'armée républicaine espagnole, notamment ceux de la 26° Division qui seront les premiers internés.
Après la déclaration de guerre, ce lieu devient un camp répressif destiné à enfermer "les indésirables étrangers", parmi lesquels beaucoup d'anciens volontaires des Brigades Internationales et des opposants politiques aux régimes d’Hitler et Mussolini qui avaient trouvé refuge en France dans les années 30.  Ils sont rejoints par des résistants et opposants politiques à Pétain. A partir de 1942, le camp sert aussi de lieu de transit pour les juifs raflés dans la région, avant leur déportation.

De 1939 à 1944, 30 000 à 40 000 personnes d'une soixantaine de nationalités y ont été enfermées. Les terribles conditions d'internement sont décrites par l’écrivain Arthur Koestler, lui-même interné en 1939 et en 1940, dans un livre paru en 1941 La lie de la terre.

Le 19 juin 1944, les Allemands exécutèrent près de Verniolle Paul Strauss, Louis Jalabert et Aimé Balussou en représailles après la mort d’un membre de la Gestapo abattu par un résistant appaméen qu’il allait arrêter. Le premier était d'origine juive, les seconds résistants. Le fils d'Aimé Balussou, Pierre, fondateur de "Combat" en Ariège et responsable du service "Propagande et Diffusion de la Presse" en zone sud pour le compte des Mouvements Unis de la Résistance devait lui aussi trouver la mort à Dachau le 29 juin 1944. Le stade de Pamiers porte son nom.

Le Château de la Hille offrit, aux heures les plus noires du vingtième siècle, un havre de paix dans la tourmente à une centaine d’enfants juifs, réfugiés provenant d’Allemagne, fuyant la terreur et la haine raciale. Arrivés au château en 1941, ils y vécurent entourés de la bienveillance des habitants du pays, et sous les bons soins d’un groupe de jeunes Suisses de l’Œuvre de Secours Suisse aux Enfants. Menacés de déportation, les plus grands furent contraints de se cacher ou de fuir vers l’Espagne et la Suisse. Parmi les 10 qui furent déportés à Auschwitz, un seul revint. Un autre trouva la mort dans les combats de la Libération au côté des maquisards, à Roquefixade.

Dans les collines boisées autour de ce village, se trouvaient de nombreux chantiers forestiers et de charbonnage dans lesquels travaillaient un grand nombre d’Espagnols. Ces chantiers constituaient une couverture légale pour les guérilléros en liaison avec l’état-major de la 3ème brigade installée au col de Py. Le 22 avril 1943, une rafle organisée par les autorités de Vichy aboutit à l’arrestation de onze guérilléros dans les environs de Rieux-de-Pelleport. Des dizaines d’autres sont arrêtés dans le reste du département et les jours suivants.

A proximité de Rieucros se trouvait le terrain de parachutage « Pamplemousse » qui a été utilisé entre avril 1943 et août 1944. Les armes et le matériel étaient destinés à des maquis situés dans la Montagne Noire et en Haute-Garonne, ce n’est qu’à l’été 1944 que les FTP et les guérilléros ariégeois y réceptionnèrent des armes utilisées ensuite lors des combats pour la libération du département. C’est ici que le général Bigeard est parachuté le 8 août 1944.
 

Le 13 juin 1944, des Allemands encerclent les hameaux du Merviel et de Sainte-Croix où trois maisons sont incendiées. Ils repartent vers Foix avec plusieurs otages. Ils seront libérés sauf Antoine Pons qui sera déporté et Théophile Charry dont le corps criblé de balles est retrouvé dans la cabane Mangin, au col de Saint-Christaut.

Après le 9 juin 1944, les maquisards FTPF qui ont pris part aux combats de Vira se regroupent progressivement autour du plateau de Pastouret. Ce maquis, qui compte près de 70 hommes sous les ordres d’Amilcar Calvetti, alias Jean Torrent, lance de nombreuses expéditions de ravitaillement et de sabotages dans les environs. Début juillet, le maquis s’implantera à proximité de Roquefixade.

Les guérilléros espagnols étaient bien implantés dans la vallée de la Lèze et les nombreux chantiers forestiers du Plantaurel leur servaient de couverture. Au printemps 1944, l’état major et le 1er bataillon de la 3ème brigade de guérilléros étaient installés près du col du Portel.
A la suite d’une dénonciation, le 23 mai, des Allemands lancent une attaque et perdent un homme dans les combats. En réaction, ils incendient la ferme du Portel et arrêtent six personnes accusées d’aider les maquisards. Deux sont emprisonnées à la prison Saint-Michel de Toulouse, quatre femmes sont déportées. L’une d’entre elles ne reviendra pas. Elle n’avait que 17 ans.
Au même endroit des miliciens exécuteront un jeune guérillero le 29 mai.

Le 9 juin 1944, sur la colline de Thuriège, des résistants affrontent une colonne allemande qui cherche à atteindre, depuis Vira, le moulin où se trouvait réuni l’état-major FTP. Composé de guérilleros espagnols, de FTP et de jeunes hommes de la vallée du Douctouyre ayant répondu à l’appel à l’insurrection lancé le 6 juin suite au débarquement en Normandie, le groupe de résistants tient tête aux Allemands et se disperse, à la nuit tombée. Revenus en force le 11, les Allemands dynamitent le moulin évacué par les maquisards.

Le 29 juin 1944 des Allemands encerclent la ferme de la famille Naudy à Arvigna, coupable d'avoir soutenu et ravitaillé les guérilleros implantés dans le secteur. Les femmes et les enfants seront retenus pendant des heures, probablement pour dissuader les guérilleros d'intervenir, tandis que les trois hommes de la famille sont fusillés et qu'une partie des bâtiments agricoles est incendiée.

Le 9 juin 1944, une colonne allemande investit Vira et affronte les maquisards installés autour du village. Mis en échec par les résistants qui se retirent avec de faibles pertes, les Allemands reviennent le 11, terrorisent la population et incendient plusieurs bâtiments. 4 résistants et autant de civils ont trouvé la mort.

A l'été 1944, un groupe de guérilléros espagnols avait installé, entre Calzan et Vira, un maquis qui participa activement aux combats pour la libération de Foix le 19 août.

C’est dans les forêts, cabanes et fermes situées autour de ce col que s’installe, en septembre 1942, l’état-major du 14ème corps de guérilleros qui organise des actions de guérilla dans une trentaine de départements du sud de la France. L’arrestation de nombreux chefs guérilleros par les autorités de Vichy à partir d’avril 1943, oblige l’état-major à trouver un nouveau refuge.